La gestion du Vérificateur Général est soumise à un double contrôle : un contrôle annuel exercé par la Section des comptes de la Cour Suprême et un audit effectué tous les trois (3) ans par un cabinet indépendant recruté par le Premier ministre sur la base d’un appel à concurrence.
Aussi, en vue d’améliorer sa gouvernance interne et sa redevabilité et renforcer ses pratiques professionnelles, le Bureau dispose-t-il d’un service d’audit interne qui est chargé d’appuyer le Vérificateur Général dans l’évaluation des processus de management des risques, de contrôle et de gouvernance et formule toutes recommandations tendant à améliorer son fonctionnement.